O CNPJ do EMITENTE deve estar cadastrado na EMPRESA que você criou. Ele pode ser o próprio CNPJ da EMPRESA ou associado a EMPRESA criada. Se for o segundo caso, envie um e-mail para  O endereço de e-mail address está sendo protegido de spambots. Você precisa ativar o JavaScript enabled para vê-lo. solicitando incluir o CNPJ na empresa cadastrada. Veja também a resposta à pergunta “O que eu faço se precisar emitir NF-e por várias empresas?” No FAQ “Visão Geral“.