Sim, o NFe Creator pode ser instalado em quantas máquinas for necessário. Tenha cuidado para que a String de conexão ao banco de dados funcione em qualquer uma delas. Nesse caso, lembre-se das particularidades do certificado digital:

• Se for A3, o certificado precisará estar conectado fisicamente ao computador que emite a nota. Para que dois possam emitir ao mesmo tempo, você precisaria de dois certificados. Se a emissão não é ao mesmo tempo (uma máquina de backup, por exemplo) você precisará conectar o certificado na máquina que está emitindo.
• Se for A1 as notas poderão ser emitidas em qualquer quantidade de máquinas.