A caixa de mensagem aparece devido à falta do arquivo “Empresa.config” no diretório onde foi instalado o NFe Creator. É esse arquivo que identifica qual a empresa está em uso e pode ser obtido por um desenvolvedor em  http://icontnfe2.vinconet.com.br/NFe/Comum/Cadastro.aspx dando um click na seta verde ao lado da empresa correspondente ou no ConfigExtractor, menu “Controles”, opção “Criar arquivo empresa.config”.