A princípio, se o seu sistema emite notas fiscais modelo 1 ou 1-A ele tem quase todas as informações necessárias para emitir a NF-e (modelo 55). É importante salientar os seguintes que os dados necessários dependem do tipo de operação do emitente. Optantes do super simples tem necessidade diferentes de regime tributário normal.

Comumente temos identificado as seguintes situações:

1) Endereço do destinatário não tem o número separado do logradouro;
2) Não tem código do Município IBGE e o nome do município cadastrado não está padronizado (o que permitiria uma tradução).
3) Tansportadoras com cadastro incompleto.
4) CFOP somente no cabeçalho da nota (A NF-e exige CFOP por item. Se a nota for emitida com somente um CFOP não tem problema).
5) Falta de informações sobre incidência PIS/COFINS em cada produto (na nota fiscal).
6) Falta de informações sobre substituição tributária (ICMS/PIS/COFINS).
Na página de ajuda do ConfigExtractor tem informações para ajudar na integração.
A página  http://www.nfe.fazenda.gov.br/PORTAL/integracao.aspx tem todas as versões do manual de integração oficial.